Nasib keluarga ini berubah setelah puteri Roman, Anastasia Zakharyina, berkahwin dengan Ivan IV yang Ganas pada bulan Februari 1547.[4] Saat suaminya meraih posisi tsar, Anastasia dianugerahi gelaran yang pertama kali dibuat: tsaritsa. Kehidupan bersama mereka berjalan dengan sangat bahagianya, namun kemangkatan Anastasia yang penuh misteri dan tiba-tiba pada tahun 1560 mengubah perwatakan Ivan. Curiga dengan kaum boyar yang diduga meracuni istrinya, tsar mulai program Oprichnina yang ganas terhadap mereka terhadap mereka. Salah satu anaknya dari Anastasia, yang juga bernama Ivan, terbunuh dalam satu perkelahian. Anakanda Ivan yang muda Fyodor, seorang putera yang saleh dan lemah, mewarisi takhta setelah kemangkatan ayahandanya.

Selama masa kekuasaan Fyodor, pemerintahan Rusia ditentang oleh saudara iparnya, Boris Godunov dan sepupu-sepupu Romanov-nya yang lain. Setelah kematian Fyodor, dinasti dari Moskow yang berusia 700 tahun, berakhir. Setelah perjuangan panjang, pihak Boris Godunov mengalahkan keluarga Romanov dan menjadikannya sebagai tsar baru. Dendam Godunov terhadap keluarga Romanov sangat gila: seluruh keluarga dibuang ke wilayah terpencil di Utara Rusia dan wilayah Ural, di mana sebagaian besar drai mereka akhirnya meninggal kelaparan atau dalam tahanan. Pimpinan keluarga Romanov, Feodor Nikitich, diasingkan ke Biara Antoniev Siysky dan dipaksa untuk bersumpah-biarawan dengan nama Patriarki Filaret.

Nasib keluarga Romanov kembali berubah secara drastis bersama dengan kejatuhan dinasti Godunov pada tahun 1606. Sebagai pimpinan pihak yang anti Godunov dan sepupu dari tsar terakhir yang sah, Filaret Romanov dihormati oleh beberapa pihak yang mencoba mengklaim warisan dan takhta Rurikid selama Periode Kekacauan. maharaja Dmitriy I mengangkatnya sebagai seorang uskup dan Dmitriy II menunjuknya sebagai patriark. Setelah pengusiran orang-orang Polandia dari Moskow pada tahun 1612, majelis agung Rusia menawarkan takhta Rusia kepada beberapa pangeran dinasti Rurik dan Gediminid, namun semua menolaknya.

Menyusul tawaran takhta Rusia, anakanda Filaret yang berusia 17 tahun, Mikhail I , saat itu tinggal di biara Ipatiev, akhirnya dipujuk oleh ibundanya, Kseniya Ivanovna Shestova, untuk menerima takhta itu. Mikhail merasa bahwa takhta ini sangatlah tidak aman dan mencoba menjalin erat hubungan dengan para tsar terakhir dinasti Rurikid dan mencari nasihat dari majelis agung dalam masalah penting. Strategi ini terbukti ampuh. Para raja awal dinasti Romanov umumnya dicintai oleh rakyat dan juga saudara ipar bekas maharaja Ivan serta para martir Godunov.